Tahun 20XX, para pemilik kekuatan spesial tiba-tiba muncul di tengah umat manusia. Mereka yang disebut “Altered” itu ditahan dalam sebuah pulau penjara terpencil bernama Area D. Setengah tahun sejak konfrontasi Jin dan Rei… Seorang mata-mata menyusup ke sebuah kapal menuju Area D...