Kenapa Desmond Miles dikurung dalam laboratorium eksperimen rahasia dan dijaga ketat? Apa yang dicari oleh tim ilmiah yang terus mengejarnya? Rahasia besar apa yang terungkap dari memori genetiknya, yang terkubur dalam DNA-nya? Kenapa mereka menyelidiki masa lalu nenek moyang Desmond, yang seluruhny..
Desmond kembali bergabung dengan barisan para pembunuh. Di pihak para Pembunuh, dia harus terjun untuk melakukan pencarian artefak misterius yang memiliki kekuatan yang menakutkan Untuk bisa menemukannya, Desmond harus kembali ke masa lalu leluhurnya yang lain, Aquilus. Setelah dikejar dan ditangkap..
Pada abad ke-14 di Mesir, El Cakr, sang Assassin, hendak mengembalikan Tongkat Dewi Isis kepada pemimpin Persaudaraan, tapi dia dijebloskan ke penjara dan bebas karena Leila yang misterius. Tujuh abad kemudian, Jonathan Hawk mencoba mengembalikan relik itu, yang mengakibatkan perang terakhi..