Pada abad ke-14 di Mesir, El Cakr, sang Assassin, hendak mengembalikan Tongkat Dewi Isis kepada pemimpin Persaudaraan, tapi dia dijebloskan ke penjara dan bebas karena Leila yang misterius. Tujuh abad kemudian, Jonathan Hawk mencoba mengembalikan relik itu, yang mengakibatkan perang terakhi..