Tahun 2xxx – di Saint Cleo, sekolah khusus untuk kloning orang-orang hebat dari seluruh dunia, Shiro Kamiya adalah satu-satunya siswa yang bukan kloning.Awalnya, Shiro melalui hari-hari yang damai bersama Napoleon dan teman-teman sekelasnya yang lain, namun Mozart yang menunjukkan rasa permusu..
Di tengah kegelisahan yang meliputi akademi menjelang “presentasi hasil studi†yang akan menguji keberhasilan para murid sebagai kloning dari tokoh-tokoh bersejarah, semakin banyak siswa yang percaya kepada domba yang disebut sebagai “Dolly yang Agungâ€.Jeanne D’arc yang takut kalau ia ..
Hanya Shiro yang selama ini percaya bahwa dia satu-satunya murid yang bukan kloning di Akademi Saint Kleio tempat kloning para tokoh penting dunia bersekolah, namun tiba-tiba muncul seorang pria yang sangat mirip dengannya.Di tengah kebingungannya, presentasi hasil studi yang melahirkan berbag..
Kelompok yang menyerang akademi Saint Cleo ternyata para alumni akademi itu sendiri… dengan kata lain, mereka juga “kloning tokoh pentingâ€, sama seperti para siswa. Ditambah lagi, di antara penyerang itu, ada 3 orang “pria yang mirip Shiroâ€. Dan salah satu dari ketiganya membunuh Joan Of A..
Kai, “Pria Mirip Shiro†yang menyerang akademi dan berhasil ditangkap muncul di hadapan Shiro dkk dan mulai bercerita tentang kehidupannya di akademi. Masa muda para kloning generasi pendahulu mereka. Dan itu merupakan hari-hari penuh gejolak yang mengguncang diri Kai sendiri serta para kloning ..